Demorei este tempo todo a perceber o porquê (confesso que não tinha perdido muito tempo com isso), mas parece que a solução é bastante simples.

O problema é que o iTunes passou a correr em modo 64-bit por defeito, o que o torna incompatível com codecs para o QuickTime (Perian). No entanto, fazendo-o correr em modo 32-bits resolve o problema:

Localizar o iTunes no Finder > Clicar com o botão direito > Get info (ou o equivalente em português) / Cmd + I > activar onde diz "Open in 32-bit mode" (ou o equivalente em português)

E voilá. O método volta a funcionar como antes.

Para os que quiserem (re-) ver todo o guia, aquí estão os links:

Não sei exactamente quais são as desvantagens ao usar o iTunes em modo 32-bit em vez de 64-bit, mas não me parece que as hajam excepto em casos de conversão (em que poderá haver um decréscimo no desempenho). Se notarem alguma desvantagem, podem deixar nos comentários.

-João